包涵体病（IBD）会出现变化或渐进性的症状，因此很难与其他疾病区别。大部分的病例也很难知道是何时接触到病原。
急性期的临床症状包括轻微的神经症状（例如：头部震颤、凝视呆然和肌肉无力瘫痪等）或活动力降低。
疾病感染的后期，通常会有二次性的细菌感染，因而造成呼吸道方面的疾病、口炎及皮肤炎，此外IBD感染的病例也有伴随皮下肿瘤及白血病的报告。
在疾病末期，感染的蚺蛇普遍出现厌食、脱水及严重的神经症状，供济失调，无法保持正常的躯体姿势。
在蟒科，最常出现急性的神经症状，包括失去正向反射及失去平衡。蟒科感染的病程一般来说比蚺科快。如果有感染发生时，临床症状可能在几周内出现，IBD感染没有复原良好的报告病例，感染的蛇类通常会死亡。