除了小肠疾病的诊断，双气囊电子小肠镜也用于内镜下治疗，目前已有专门的治疗用双气囊小肠镜专用的治疗器械问世。
1. 止血治疗：血管畸形是引起小肠出血的主要病因，双气小肠镜可通过钛夹、电凝等方法治疗小肠血管畸形，与药物和手术治疗相比，具有明显优势。
2．息肉切除：双气囊小肠镜可用于小肠多发息肉患者的定期复查和息肉切除，预防肠套叠、肠出血和肿瘤等并发症发生，避免多次开腹手术。
3. 肠腔狭窄治疗：双气囊小肠镜可以对克罗恩病导致的肠腔狭窄或其他病因所致肠道狭窄进行球囊扩张治疗。
