许多相对常见的先天性异常和家族性疾病并不遵循单基因遗传规律（孟德尔遗传）.它们更接近于多基因遗传，受累者和非受累者之间有一阈值分开.受累者易患病症，代表着遗传和环境影响的总和.因此，在分享受累者50%基因的一级亲属中（同胞和子女）出现病症的风险是较高的.这种风险在较远的亲属中，由于他们只获得几个高易患性基因，则要小得多.
例如神经管缺陷（NTD，包括无脑，脊柱裂，脑膨出，脊髓脊膜膨出）通常有多基因造成，虽然也有许多已知的单基因，染色体和环境原因.在北美人群中，NTD的综合发病率约为每1000个活胎中1.5例.受累儿童的未受累父母携带着许多高易患性基因，并有1/30（3%）的机会再生一个受累的子女.同样，父母一方有多基因NTD者会有3%~4%的机会生下一个受累的小孩.罕见情况下，一对夫妇已有两个受累的孩子时，产生第3个受累儿的风险增加到7%~8%.