在遗传性肝病中仅有很少一部分是单基因疾病，大部分常见的肝病均属多基因遗传性肝病，这些疾病的产生不单与某一个基因有关，而是由多个基因、环境因素及其多重相互作用综合决定的结果，其遗传性较单基因疾病要复杂的多。全基因组关联分析(Genome-wide association studys，GWASs)和二代测序技术（Next generation sequencing，NGS）已经揭示了许多复杂肝病的遗传背景，常见的多基因遗传性肝病包括肝癌、病毒性肝炎、自身免疫性肝炎、胆石症、非酒精性脂肪肝、原发胆汁性肝硬化等。