在疾病早期，特别是临床上只表现为单一系统症状时，各亚型需要排除各自的相关疾患。在症状发展完全，累及多系统后，若能排除其他疾病则诊断不难。
1. MSA-P应与下列疾病相鉴别
（1）血管性帕金森综合征（vascular parkinsonism，VP）：双下肢症状突出的帕金森综合征，表现为步态紊乱，并有锥体束征和假性球麻痹。
（2）进行性核上性麻痹：特征表现有垂直性核上性眼肌麻痹，特别是下视麻痹。
（3）皮质基底节变性（corticobasal degeneration，CBD）：有异己手（肢）综合征（alien hand syndrome）、失用、皮质感觉障碍、不对称性肌强直、肢体肌张力障碍、刺激敏感的肌阵挛等有鉴别价值的临床表现。
（4）Lewy体痴呆：肌强直较运动缓慢和震颤更严重，较早出现的认知功能障碍，特别是注意力和警觉性波动易变最突出，自发性幻觉、对抗精神病药物过度敏感，极易出现锥体外系等不良反应。
2. MSA-C应与多种遗传性和非遗传性小脑性共济失调相鉴别。