根据病史、临床表现和必要的辅助检查，综合分析，一般可明确诊断，尤其CT检查起决定作用。因脑脓肿绝大多数为继发于身体其他部位的化脓性病灶，所以病人常有慢性中耳炎、乳突炎急性发作、鼻窦炎、胸部及肺部化脓性感染、细菌性心内膜炎、发绀型先天性心脏病、皮肤疖肿及痈、骨髓炎、颅骨髓炎、败血症及脓毒血症等炎症病史。开放性颅脑外伤，尤其有碎骨片或异物存留于脑内的患者，在此基础上经过一段潜伏期，患者出现化脓性脑炎的症状和体征，经抗生素等治疗，病情缓解后再次出现颅内压增高的征象和局灶定位体征，即应首先考虑脑脓肿的可能，进一步经过辅助检查，大多可明确病变的定位和定性诊断。
