大豆异黄酮主要分布于大豆种子的子叶和胚轴中，种皮中含量极少。80%-90%异黄酮存在于子叶中，浓度约为0.1%-0.3%。胚轴中所含异黄酮种类较多且浓度较高，约为1%-2%，但由于胚轴只占种子总重量的2%，因此尽管浓度很高，所占比例却很少(10%-20%)。目前发现的大豆异黄酮共有12种，分为游离型的苷元和结合型的糖苷两类。苷元约占总量的2%-3%，包括染料木素、大豆黄素和黄豆黄素(GlyCiteni)，三者的平均比值总体上约为1:0.7:0.22。糖苷约占总量的97%-98%，主要以丙二酰染料木苷，丙二酰大豆苷、染料木苷和大豆苷形式存在，约占总量的95% [1]。