利用基因工程可把2个不同的代谢途径和2种不同微生物的酶结合到同一个微生物中，使微生物产生新的酶活性，生产出新的代谢产物或者生产出靠常规育种方法无法获得的新的产品，这是生物高技术产业化研究的一个重要方向。通过DNA重组技术改变微生物的代谢途径，一般有2种方法，一是导入一个新基因，另一种方法就是对已经存在的基因进行改造。这使奎尼酸菌株的构建成为可能。应用DNA 重组、基因定向诱变等技术，利用生物工程操纵大肠杆菌的莽草酸途径，可进行生产菌的定向育种，并能打破种属界限，集中不同菌株的优点，从而选育出高产、优质、易于工业化生产的产奎尼酸基因工程菌。奎尼酸的代谢途径及调控机理的深入研究，也为发酵生产奎尼酸奠定了基础。