消化性溃疡的病因及发病机制较为复杂，迄今尚未明确。一般认为是由多种病因导致的疾病，可能是胃溃疡患者在长期致病因素的作用下使对胃、十二指肠黏膜有损害作用的侵袭因素与黏膜自身防御-修复因素之间失去平衡，当侵袭因素增强或防御/修复因素削弱时，导致慢性胃炎，使胃排空延缓累及并损害胃黏膜防御屏障的完整性。近十多年来的研究证明幽门螺旋杆菌(Hp)感染是消化性溃疡的主要病因，Hp感染改变了黏膜侵袭因素与防御因素之间的平衡，诱发了局部炎症和免疫反应，损害了这种平衡机制，并增加了促胃蛋白酶和胃酸的分泌，增强了侵袭因素，两者之间的协同作用造成了黏膜损害和溃疡形成。此外溃疡病的侵袭因素还①有胃酸分泌增加、胃蛋白酶活性增强、②药物作用，长期应用糖皮质激素和非甾体抗炎药③急性应激和长期精神紧张焦虑、情绪波动④饮食不当等，均与溃疡病的发病有关。
据袁育红等在中山医科大学发表的《妊娠期消化性溃疡的诊治》一文中提到：
妊娠期消化性溃疡(PU)的发病率呼较低，PU患者一旦妊娠，症状会减轻甚至消失，其机理不清，可能与下列因素有关：①妊娠期胃酸和胃蛋白酶分泌减少；②妊娠期雌激素和孕酮增加，前者有细胞保护作用，后者能延缓酸性胃内容排入十二指肠；③妊娠期组胺酶增加，使组胺灭活；④胎盘可能产生有细胞保护作用的前列腺素；⑤孕妇改善饮食、戒酒和心情舒畅。