寡核苷酸常用来作为探针确定DNA或RNA的结构，用于基因芯片、电泳、荧光原位杂交等过程中 。
寡核苷酸合成的DNA（脱氧核糖核酸）可以用于链聚合反应，能放大确定几乎所有DNA的片段，在这个过程中寡核苷酸是作为引物，和DNA 中标记的互补片段结合，作成DNA的复制品。
调控寡核苷酸用于抑制RNA片段，防止其翻译成蛋白，在制止癌细胞活动方面能起一定的作用。
