本病与免疫异常可能有一定关系。在小儿克罗恩病的发病中，感染可能起一定作用。本病发病有明显的种族差异和家族聚集性。就发病率而言，白种人高于黑人，单卵双生高于双卵双生；小儿克罗恩病患者有阳性家族史者占10%～15%；本病存在某些基因缺陷。提示本病存在遗传倾向。
