1、制霉菌素
（1）局部用药：可制成油剂、霜剂、粉剂、溶液等，浓度为含制霉菌素10万U/g或/ml基质，依患者具体情况援用一种剂量一型局部涂擦，每日2―4次。
（2）口服：肠道念珠菌病可给予制霉菌素口服，新生儿每日20―40万U，2岁以下每日40―80万U，2岁以上每日100―200万U，分3―4次饭前服用，疗程7―10日。口服不易吸收，全部由粪便排出。不良反应有恶心、呕吐、轻泻。
（3）雾化吸入：适用于呼吸系统念珠菌病，制霉菌素5万U溶于2ml0.9%氯化钠溶液中雾化吸入。
2、二性霉素B为多烯类抗生素与真菌胞膜上的固醇类结合，改变膜的通透性，使菌体破坏，起杀菌作用。是目前治疗隐球菌病、组织胞浆菌病和全身念珠菌病的首选药物，对曲霉素菌病效果较差。
（1）静脉滴注：开始义用小量，每日0.1mg/kg，如无不良反应，渐增至每日1―1.5mg/kg，疗程1―3个月。静注时用5%葡萄糖液稀释，浓度不超过0.05―0.1mg/ml，缓慢静脉滴注，每剂不少于6小时滴完。浓度过高易引起静脉炎，滴速过快可发生抽搐，心律时常、血压骤降，甚至心跳停博。
（2）椎管内注射或脑室内注射：限于治疗隐球菌性膜的病情严重或静脉滴注失败的病例。儿童鞘内注射，首次0.1mg用蒸馏水（不用0.9%氯化钠溶液）稀释，浓度不超过0.25mg/ml（偏稀为宜）或将药物与腰穿时引流出的脑脊液3―5md混合后一并缓慢注入。以0.5mg为止不低超过0.7mg。疗程一般约30次，如有副作用可减量或暂停用药，脑脊液内药物过多可引起蛛网膜炎而脑脊液细胞增多，暂时性神经根炎、感觉消失、尿潴留、甚至瘫痪、抽搐，如及早停吆五，大多能缓解。
（3）二性霉素的副作用：恶心、呕吐、腹痛、发热、寒战、头痛、头晕、贫血、血小板减少，血栓性静脉炎等，对炎、肾、造血系统有一定毒性。为减轻副作用，可于治疗前半小时及治疗后3小时给阿司匹林，严重者可用静脉滴注氢化可地松或地塞米松。用药期间，应每隔3―7天检查血、尿常规及肝、肾功能，血清肌酐>2.5mg/dl时用药应减量，尿素氮>40mg/d应停药，停药2―5周恢复正常，再从小剂量开始给药，注射部位易发生血栓性静脉炎，最初输液部位宜先从四肢远端小静脉开始。
3、5―氟胞嘧啶是一种口服系统性抗真菌化学药物，对隐球菌和白色念珠菌有粮食抑制作用。可与二性霉素B合用，治疗全身性隐球菌病，剂量为每日50―150mg/kg，分4次口服，疗程4―6周。婴儿剂量酌减。口服吸收良好，血清浓度高。