1.血常规检查
白细胞计数多在正常范围，分类亦无明显变化。
2.脑脊液检查
脑膜炎、脑炎患者的脑脊液可呈非化脓性炎症改变。压力轻度增高，白细胞计数轻度增多，多为（100～300）×106/L，很少超过500×106/L，初期以多核细胞为主，2天后淋巴细胞占90%左右。糖和氯化物无变化，蛋白轻度增加。
3.病毒分离
用组织培养和动物接种分离病毒。如能从患儿血液、脑脊液、心包液、疱疹液及组织中分离到病毒则可作为确诊依据。如从粪便及呼吸道分泌物中分离出病毒则需结合血清学检查加以判断，因咽部和肠道有健康带毒者。
4.血清学检查
特异性高的抗体为中和抗体，病后2周开始升高，3周时达高峰，可维持3～6年，故不能用于早期诊断。近年来已建立了检测特异性IgM抗体的方法。
5.分子生物学检查
用RT-PCR方法扩增临床标本（如咽拭子、血液、脑脊液）中的少量病毒核酸，可达到病原学早期诊断的目的。该方法敏感性、特异性高，可快速诊断。
6.其他辅助检查
根据临床需要选择X线、B超、心电图等辅助检查。