在诊断过程中须与其他巨脾症，如慢性粒细胞性白血病、黑热病、尼曼-匹克综合征、亚急性细菌性心内膜炎等相鉴别。
1、慢性感染性脾肿大
充血性脾肿大属非感染性脾大首先应与感染性脾大相鉴别。
2、小儿慢性充血性脾肿大症与充血性脾肿大的病因鉴别
肝外型门脉高压症和肝内型门脉高压症的鉴别。
3、小儿慢性充血性脾肿大症与血液病引起的脾大的病因鉴别
多种血液病例均有脾大，且常伴有肝脏和淋巴结不同程度的肿大。
4、小儿慢性充血性脾肿大症与网状内皮细胞病鉴别
5、小儿慢性充血性脾肿大症与结缔组织病和变态反应性疾病鉴别
6、小儿慢性充血性脾肿大症与代谢性疾病鉴别
7、小儿慢性充血性脾肿大症与脾肿瘤鉴别
原发性脾恶性肿瘤罕见，恶性肿瘤转移到脾也极少见，脾脏肿瘤可致脾脏肿大，质硬，表现不平滑。
8、小儿慢性充血性脾肿大症与脾囊肿鉴别
罕见，可分为真性脾囊肿和假性脾囊肿两类，真性囊肿进一步分为表皮性、内皮性及寄生虫性3种，假性囊肿分为出血性，血清性及炎症性3种，脾囊肿患儿在查体时可于左上腹扪及囊样包块、柔软、光滑，有波动感，多无移动，超声波检查可发现脾区囊性肿物。