本病病因尚不明确，为主要发生在结肠黏膜的炎症性疾病，以结肠黏膜溃疡、糜烂为主要病理改变。目前较一致的观点认为，在本病的发病中，既有免疫因素，又有遗传因素存在，而其他各种因素多是诱发因素，可能有以下多种原因：
1.自身免疫原因
小儿溃疡性结肠炎常并发自身免疫性溶血，类风湿关节炎，红斑狼疮，桥本病，虹膜炎等，且用肾上腺皮质激素类药物或其他免疫抑制剂治疗有效，因此考虑本病可能为一自身免疫性疾病。
2.感染原因
一些患儿用抗生素治疗有效。
3.饮食过敏原因
某些食物可使病变复发，去除这些饮食后病情可缓解。
4.遗传原因
患者家族中有15%～30%发病者。
5.精神因素
临床多发现有些患儿伴有焦虑，紧张，多疑以及自主神经紊乱的表现，精神治疗可收到一定效果。