1.继发性的间质性肺疾病
病毒感染如CMV、EBV、腺病毒感染均可导致间质性肺炎，但病毒感染均有感染的症状和体征，如发热、肝脾淋巴结的肿大，及血清病毒学的证据。结缔组织疾病也可导致间质性肺炎的表现，但多根据其全身表现如多个脏器受累、关节的症状，及自身抗体和ANCA（抗中性粒细胞细胞质抗体）阳性可协助鉴别诊断。
2.组织细胞增生症
可有咳嗽、呼吸困难、肺部湿性啰音的表现，影像学肺内有弥漫的结节影和囊泡影。但同时多有发热、肝脾大及皮疹。多根据皮肤活检见大量的朗汉斯巨细胞确诊。
3.闭塞性细支气管炎
为小儿时期较常见的小气道阻塞性疾病。多有急性肺损伤的病史，如严重的肺炎、重症的渗出性多形红斑等，之后持续咳嗽、喘息为主要表现，肺内可闻及喘鸣音。肺高分辨率CT可见马赛克灌注、过度通气、支气管扩张等表现。肺功能为阻塞性的通气功能障碍。