尿石症的病因较复杂，至今为止尚未完全阐明。多数学者认为尿石形成是多因素综合作用的结果。
1.内在因素
（1）种族遗传因素各种种族的人都可患尿石症，但患病率有所差异，非洲黑人和美国黑人患结石者均少。结石病患者家族的结石病率高于非结石家族，除家人的生活条件接近外，也可能受一些遗传因素的影响。
（2）饮食与营养不喜欢饮水的人容易患有结石。婴儿过早的用粮食喂养而乳品不足容易导致膀胱结石。相反，成年人多吃乳品和肉类也可增加结石风险。结石形成还和尿中结石成分突然增多有关，食物愈精制，结石风险越高。食用过多的盐和菠菜都会增加结石风险。
（3）代谢异常甲状旁腺功能亢进症、皮质醇症都可增加结石的风险。结石也可以是外伤或疾病而长期卧床的合并症。
（4）药物溃疡患者大量饮牛乳和碱性药物即可产生结石——乳碱综合征。结石还可因服矽酸镁而含少见的矽酸盐。治疗青光眼的乙酰唑胺、维生素D中毒、大量用抗坏血酸（可转变为草酸）、氨苯喋啶、麻黄素和愈创甘油醚、皮质激素及磺胺等均可发生结石。
（5）尿路感染尤其致病菌有分解尿素产生氨的作用时，pH值的提高、黏蛋白的聚合，细菌本身和感染产物都可促进结石的形成。尿路中的异物如缝线、导尿管都可诱发结石。
2.外在因素
（1）自然环境气候条件、水质、食物等都与结石的发生有关。
（2）社会环境生产水平对结石的影响在国内外流行病学调查中得到证明。