巴西芽生菌病由副球孢子菌引起，副球孢子菌又名巴西副球孢子菌，或巴西芽生菌，培养为双相型，真菌学分类为有丝孢菌，属于子囊菌门-爪甲团囊菌目-爪甲团囊菌科。在37℃培养为酵母样菌落，在温室培养则为丝球状菌落，实验室中可使菌型相互转化，自然界尚未分离出此菌。
本菌为自然界腐生菌，可能经呼吸道、消化道以及皮肤黏膜损伤处进入人体引起感染。自然存在于土壤及木材中，主要分布在中、南部美洲。本菌生态环境尚不明确，但一般多为农业地区，且与接近水源、空气湿度较大有关。近来还有副球孢子菌感染以眼睑、下肢主动脉为首发，且是唯一症状的报告。近来认为本菌的多发芽生孢子很像球孢子菌破裂后的内生孢子，故一般均称为副球孢子菌。