根据临床表现、真菌学检查，亦可结合组织病理发现特征性病原菌可确定诊断。
1.巴西芽生菌病为地方真菌病，病人常有流行区的居留史。
2.肺部感染者，伴有经久不愈的皮肤溃疡和淋巴结肿大，或多系统受累时需考虑本病的可能。
3.皮肤巴西芽生菌病的诊断比较容易，主要是找到病原菌。
