原则是去除病因，抗感染治疗。在等待实验室结果时，医生应开始局部使用谱谱抗生素，确定致病菌属后给予敏感抗生素。根据病情的轻重可选择结膜囊冲洗、局部用药、全身用药或联合用药。切勿包扎患眼，但可配戴太阳镜以减少光线的刺激。
①对超急性细菌性结膜炎，治疗应在诊断性标本收集后立即进行，以减少潜在的角膜及全身感染的发生，局部治疗和全身用药并重。
②成人急性或亚急性细菌性结膜炎，一般选择堤滴眼液，儿童则选择眼膏，减少药物随哭泣时的眼泪排出，而且其作用时间更长。
③对慢性细菌性结膜炎，治疗原则与急性结膜炎相似，但需长期治疗，疗效取决于患者对治疗方案的依从性。
④各类型结膜炎波及角膜时，应按角膜治疗原则处理。