慢性肠源性肢端皮炎常需与念珠菌病、大疱性表皮松解症和严重营养不良相鉴别。血浆锌值测定有重要价值。
泛发性皮肤念珠菌病类似本病，而本病大多又继发念珠菌感染，应予鉴别，但前者发生于肥胖或腹泻的婴儿，皮疹多布于颈、腋、腹股沟等皱折处或躯干等部位；大疱性表皮松解症皮损位于易受外伤部位，水疱尼氏征阳性；连续性肢端皮炎常先有局部外伤史，皮疹始于手指远端，长期限于一个或几个手指；银屑病损害是头部和四肢伸侧红斑鳞屑，刮屑试验阳性；另外应与各种获得性或条件性锌缺乏进行鉴别。
