HEV是单股正链RNA病毒，呈球形、直径27～34nm无囊膜，核衣壳呈二十面体立体对称。尚不能在体外组织培养，但黑猩猩、食蟹猴、恒河猴、非洲绿猴、须狨猴对HEV敏感，可用于分离病毒。
HEV在碱性环境中稳定，有镁、锰离子存在情况下可保持其完整性，对高热敏感，煮沸可将其灭活。
HEV基因组长 7.6kb，3′端有poly A尾，有3个开放阅读读框（ORF）：
ORF1位于5′端（约 2kb）是非结构蛋白基因，含依赖RNA的RNA多聚酶序列；
ORF2位于3′端（约 2kb）是结构蛋白的主要部分，可编码核衣壳蛋白；
ORF3与ORF1和ORF2有重叠（全长369bp），也是病毒结构蛋白基因，可编码病毒特异性免疫反应抗原。