患者取左侧卧位，固定牙垫，待镇静药物起效后，开始插镜。用双气囊滑管者，在插镜前，须在镜身上涂润滑油，将滑管套在镜身上。按常规胃镜检查法对食管、胃、十二指肠各部进行观察。进镜至十二指肠悬肌（屈氏韧带）后，将镜身拉直，沿镜身将滑管插至十二指肠降部。然后寻腔进镜，在空肠进镜时，方法似结肠镜检查，即寻腔进镜、结合双气囊滑镜，反复送拉。如果进镜阻力较大，不要盲目进镜，以防穿孔。发现病变，可进行活检或染色及其他相应处理。为较准确定位小肠镜所在部位，可用X线透视帮助定位。借助滑管检查时小肠镜可进至十二指肠悬肌（屈氏韧带）下更远端部位。