住院患者术后可回病房观察，门诊患者应在内镜室观察。观察指标包括生命指征、有无腹痛等，如有异常，应进一步检查血象、腹部透视等。
小肠镜检查并发症较少，主要是穿孔和出血。穿孔可因盲目进镜引起，也可因小肠有粘连，转角过大，内镜通过时造成小肠浆膜面撕裂而致穿孔。较少见的并发症有贲门黏膜撕裂以及滑管引起的Vater壶腹损伤而致的胰腺炎，应予注意。
