广泛分布于自然界及动物体内（如鸽的肠道），正常人体的体表、口腔、粪便中也可以分离到此菌。为单细胞真菌，圆形或卵网形。因一般染色不被着色难以发现，故称隐球菌。用墨汁负染后镜检，在黑色背景中可见透亮菌体，并可见肥厚、透明的荚膜。
当机体免疫力下降时，新型隐球菌主要经呼吸道侵入机体，引起肺部感染，若进入血流，易侵袭中枢神经系统，导致隐球菌性脑膜炎 。
