1.沙眼衣原体结膜炎
（1）直接涂片镜检可见胞质内衣原体包涵体及大量多核白细胞，混合感染时可见其他细菌。
（2）直接荧光抗体试验敏感性为95%～100%，需用荧光显微镜检查。
（3）酶免疫试验检测衣原体抗原，不需特殊仪器，敏感性为95%～98%。
（4）细胞培养取眼部分泌物行细胞培养，发现典型的细胞质中包涵体者为阳性，要求高难做到。
2.衣原体肺炎
（1）胸片双侧广泛间质和（或）肺泡浸润，常见过度充气，偶见大叶实变，胸腔积液罕见。
（2）血常规白细胞计数一般正常，70%～75%患儿嗜酸性粒细胞计数>300×106/L。
（3）鼻咽部抗原检测
（4）细胞培养取气管或鼻咽部吸取物、鼻咽拭子标本做细胞培养。
（5）衣原体抗体
（6）分子生物学技术