新生霉素经直肠粘膜入血后广泛分布于体内，主要脏器中均可达有效治疗浓度，胆汁中浓度高于血清浓度数倍，在痰液中浓度低。透过正常脑膜能力低，脑膜炎时透过量明显增加。新生霉素可透过胎盘到达胎儿循环，在羊水中达到一定浓度。乳汁中亦含相当量的本品。进入体内的本品约80%以原形由尿排泄。新生霉素的血消除半衰期（t1/2β）≤1小时。
