本品使用苯甲醇作为溶媒，禁用于儿童肌肉注射。
只有对肿瘤化疗有经验的医生才可使用阿糖胞苷。
患者在诱导治疗时，应有足够的实验室和辅助设备以监测患者对药物的耐受性，确保患者免遭药物的毒性损害。阿糖胞苷的主要毒性反应是骨髓抑制，表现为白细胞减少、血小板减少和贫血。程度较轻的毒性反应包括恶心、呕吐、腹泻和腹痛、口腔溃疡以及肝功能异常。
在考虑应用本品治疗时，医生必须考虑药物可能的疗效和其毒性反应。在考虑应用或开始使用时，医生必须熟悉下列内容。
对血液系统的影响
阿糖胞苷是一种强效的骨髓抑制剂。骨髓抑制的严重程度取决于用药的剂量以及用药方案。对既往药物已引起骨髓抑制的患者必须谨慎地开始用药。患者用药时必须接受密切的医疗监护，在诱导治疗时，须每天检测白细胞和血小板计数。在周围血象原始细胞消失后，需经常进行骨髓检查。当药物引起骨髓抑制使血小板计数低于50,000/mm3或多核粒细胞计数低于1000/mm3时，应考虑停药或更改治疗方案。外周血有形成份计数在停药后可能进一步降低，在停药后12—24天达最低值。需要时，当有确切骨髓恢复的表现时，可再次开始治疗。必须具备处理可能导致死亡的骨髓抑制（粒细胞减少和其他机体防御功能受损所致的感染和血小板减少所致的出血）的条件。
阿糖胞苷治疗曾发生过敏反应。有过敏反应导致心跳呼吸骤停，并需心肺复苏的报道。上述情况在静脉给予阿糖胞苷后立即发生。
大剂量方案
有报道网阿胞苷大剂量（2-3g/m2）治疗后可发生严重的、甚至是致命的中枢神经系统、胃肠道和肺部毒性反应（不同于阿糖胞苷常规方案治疗引起的毒性反应）。这些反应包括可逆的角膜毒性和出血性结膜炎，预防性局部应用类固醇滴眼剂能预防或减轻症状，大脑和小脑功能失调，包括人格改变、嗜睡，惊厥和昏迷，通常可逆；严重的胃肠道溃疡，包括肠壁囊样积气导致的腹膜炎，脓毒血症和肝脓肿；肺水肿、肝脏损伤伴高胆红素血症；肠坏死；以及坏死性结肠炎。
大剂量阿糖胞苷治疗后可发生严重的、有时是致命的肺部毒性、成人呼吸窘迫综合征和肺水肿。有报道，对复发白血病患者采用试验性大剂量阿糖胞苷治疗后突然发生呼吸窘迫综合征，并迅速进展为肺水肿，同时在X线摄影片上可见明显的心脏肥大。
有骨髓移植前预处理采用试验性大剂量阿糖胞苷和环磷酰胺治疗后发生心肌病井继发死亡的报道。这可能取决于治疗的方案。
成人急性非淋巴细胞性白血病患者采用大剂量阿糖胞苷、柔红霉素和天门冬酰胺酶行巩固治疗后，出现外周运动和感觉神经病变。由于可以通过改变剂量和疗程避免不可逆的神经病变，大剂量使用阿糖胞苷的患者应观察神经病变。
罕见导致脱皮的严重皮疹的报道。与本品标准治疗方案相比，大剂量治疗时完全脱发更多见。
如果用大剂量治疗，不得使用含苯甲醇的稀释剂。本品稀释剂中含苯甲醇。据报道，苯甲醇与早产婴儿的致命性“喘息综合症”有关。如行鞘内用药，不得使用古苯甲醇的稀释液。许多医生用不含防腐剂的0.9%氯化钠溶液来配制注射液并立即应用。
当快速给予本品大剂量静脉注射时，患者在注射后频发恶心并可能呕吐数小时。如静脉滴注本品，则恶心和呕吐的程度较轻。
常规剂量方案曾报道，采用常规剂量的阿糖胞苷联合其他药物治疗的患者发生腹部压痛（腹膜炎）和大便潜血阳性的结肠炎，伴中性粒细胞减少和血小板减少。经非手术治疗后缓解。有报道急性髓细胞性白血病患儿鞘内和静脉应用常规剂量阿糖胞苷联合其他药物治疗后，发生致死性的延迟的进行性上行性麻痹。