1、活菌计数法— 平板菌落计数
此法是基于每一个分散的活细胞在适宜的培养基中具有生辰繁殖并能形成一个菌落的能力。因此，菌藩数就是待测样品所含的活菌数。将单细胞微生物待测液经10 倍系列稀释后，将一定浓度的稀释液定量地接种到琼脂平板培养基上培养，长出的菌落数就是稀释液中含有的活细胞数，可以计算出供测样品中的活细胞数。但应注意，由于各种原因，平板上的单个菌落可能并不是由一个菌体细胞形成的，因此在表达单位样品含菌数时，可用单位样品中形成菌藩单位来表示，即CFU/ml 或CFU/g(CFU 即colony-forming unit ）。
2、活菌计数法— 液体稀释最大或然数法（ MPN）测数
取定量（ 1 ml）的单细胞微生物悬液，用培养液作定量10 倍系列稀释，重复3 ～5 次，将不同稀释度的系列稀释管置适宣温度下培养。在稀释度合适的前提下，在菌浓度相对较高的稀释管内均出现菌生长，而自某个稀释度较高的稀释管开始至稀释度更高的稀释管中均不出现菌生长，按稀释度自低到高的顺序，把最后3 个稀释度相对较高的、出现菌生长的稀释管之稀释度称为临界级数。由3 ～5 次重复的连续三级临界级数族得指数，查相应重复的最大或然数表求得最大可能数，再乘以出现生长的临界级数的最低稀释度，即可测得比较可靠的样品活菌浓度。
3、活菌计数法— 薄膜过滤计数法
测定水与空气中的活菌数量时，由于含菌浓度低，则可先将待测样品（一定体积的水或空气）通过微孔薄膜（如硝化纤维薄膜）过滤浓缩，然后把滤膜放在适当的固体培养基上培养，长出菌落后即可计数。