现用的乙脑灭活疫苗是用地鼠肾细胞培养增殖，甲醛灭活制成，初次免疫时，皮下注射2～3次，间隔7-10天，以后每年加强注射一次，免疫力维持半年左右，保护率达66-90%。中国已筛选出乙脑病毒减毒株，用地鼠肾细胞培养制成减毒活疫苗，只需皮下注射一次，安全有效，正作现场观察。疫苗接种对象是10岁以下儿童和来自非疫区的军民。流行区饲养的仔猪接种乙脑疫苗，以杜绝传染来源，也可使猪健康成长。
防蚊灭蚊是预防本病的有效措施。
