舌下腺囊肿需与口底皮样囊肿、颌下区囊性水瘤以及口底血管畸形相鉴别。
1、涎腺黏液囊肿诊断—口底皮样囊肿 位于口底正中，呈圆形或卵圆形，边界清楚，表面黏膜及囊壁厚，囊腔内含半固体状皮脂性分泌物。因此，扪诊有面团样柔韧感，无波动感，可有压迫性凹陷。肿物表面颜色与口底黏膜相似而非浅紫色。
2、涎腺黏液囊肿诊断—颌下区囊性水瘤 常见于婴幼儿，穿刺检查见囊腔内容物稀薄，无黏液，淡黄清亮，涂片镜检可见淋巴细胞。
3、涎腺黏液囊肿诊断—口底血管畸形 口底和(或)颌下区肿胀，口底黏膜呈浅紫蓝色，颇似舌下腺囊肿。无肿块破裂后消退史，穿刺抽出血液。