LYH 的发病机制至今仍不完全清楚,目前认为它是一种自身免疫性疾病,依据是: (1)LYH常与其它自身免疫性疾病合并存在。约20－50%的LYH患者合并其它自身免疫性疾病； (2) 女性常见并且与妊娠相关； (3) 病理组织学检查发现大量淋巴细胞、浆细胞浸润垂体。(4)部分病例存在抗垂体抗体如抗-GH和抗-PRL、抗AVPcAb等。
病理学检查仍是LYH诊断的“金标准”。LYH典型的病理特征是垂体弥漫性淋巴细胞侵润正常腺体结构破坏。免疫组化显示为多克隆的T细胞和B细胞混合与其它自身免疫性疾病一致。约53% 的病例可见浆细胞侵润还可见嗜酸细胞（12%）巨噬细胞、组织细胞和中性粒细胞侵润（6%）。纤维化常见（47%）因此术中可见病变成坚硬的白色组织这与垂体瘤明显不同。LYH中坏死比较少见(（6%)）而且常常比较轻。