治疗淋菌性直肠炎以抗菌消炎为主，使用抗革兰阴性菌的药物或广谱抗生素，给药途径有口服、肌内注射、静脉点滴和保留灌肠四种。
1.口服药
氟哌酸片、红霉素片、土霉素片、左氧氟沙星片。
2.肌内注射药
头孢三嗪（菌必治）、壮观霉素（淋必治）。
3.静脉点滴
庆大霉素、氨苄青霉素、左氧氟沙星。
4.保留灌肠
庆大霉素或左氧氟沙星，也可用头孢三嗪或壮观霉素每日1次保留灌肠。
