溶藻菌对藻细胞作用的方式和可能机理主要有以下5种:直接接触溶藻、释放杀藻物质、细菌与藻竞争营养物、形成菌胶膜及进入藻细胞内杀灭藻细胞。
１、溶藻细菌的— 直接接触溶藻
一些溶藻菌直接与藻细胞接触，通过释放可溶解纤维素的酶而消化藻细胞的细胞壁，进而逐渐溶解整个藻细胞。如前所述的黏细菌对蓝藻、鱼腥藻、束丝藻、微囊藻以及多种颤藻的溶解作用[2～4] ；噬胞菌属（J18.M01）和腐生螺旋体属（SS98.5）能够特异性地与横裂甲藻和硅藻接触溶解藻细胞[21，22] 等菌属直接接触溶藻。
2、溶藻细菌的— 释放杀藻物质
细菌可以通过释放特异性或非特异性的胞外物质杀死藻细胞，报道的细菌杀藻物质主要有蛋白质、多肽类物质以及抗生素。这类细菌常见的有弧菌、假单胞菌、黄杆菌、交替单胞菌、假交替单胞菌等。
（１）蛋白质与多肽类物质 Lee从海水中分离的一株交替假单胞菌A28能杀死骨条藻。将A28的上清液经超滤所获得的浓缩上清液显示出杀藻活性，这表明A28能产生细胞外大分子物质杀藻，经分析该大分子物质为一种胞外丝氨酸蛋白酶[12] 。一种被囊交替假单胞菌（D2）能够分泌一种分子质量为190kD的毒性蛋白ΔlpP，该蛋白也具有杀藻活性[23] 。在日本湖泊中分离出铜绿假单胞菌，其分泌的绿脓杆菌素以及碱性蛋白酶，可能是溶解微囊藻的主要物质[7] 。
从具有强烈杀藻活性的芽孢杆菌的SY.1菌株中分离出一种新的溶藻物质Bacillamide，通过二维NMR技术分析出其结构为一种多肽，它对多环旋沟藻有特异性的杀灭作用，半数致死量（LC50）为3.2μg・ml -1 。对由多环旋沟藻引起的有害水华有明显的抑制作用[24] 。Banin报道一株珊瑚褪色弧菌能合成并分泌一种称为毒素P的胞外多肽，该毒素能够抑制与珊瑚共生的虫黄藻的光合作用，导致虫黄藻死亡[25] 。
Yoshikawa从海水中分离、筛选出具有抗蓝藻活性的细菌。在2594株分离出的细菌中，有37株能产生抗颤藻的物质。其中一株C979经鉴定为弧菌属，其产生的具有杀藻作用的生物活性物质为强亲水性化合物β.氰基L丙氨酸[8] 。
（２）抗生素 铜绿假单胞菌可产生大量的抗生素类物质，如扩散性吩嗪色素类物质，这些物质对其他细菌和藻类都有抑制作用。最近有人从这种细菌当中提取了几种特异性杀藻的抗生素类物质，其中有些物质如1.羟基吩嗪和氧氯菌素能够强烈抑制蓝藻和绿藻的生长[6] 。Kawano等从柄细菌属的PK654菌株中分离出一种抗生素thiotropocin，此抗生素对赤潮中的中骨条藻和赤潮异湾藻有明显的抑制作用[26] 。
（３）其它 施氏假单胞菌能释放高活性抑藻的化学物质，具有选择性杀伤生物的特殊性质。例如将这些细菌同绿胞藻以及黄尾鱼一起培养，藻被杀死，而黄尾鱼未受到任何影响[27] 。
３、溶藻细菌的— 细菌与藻竞争营养物
有些细菌可通过C、N、P、K等物质与藻类产生直接或间接的联系。如芽孢杆菌的生长需要氮磷等物质的营养支持，从而会使水体中的氮磷含量下降，进而使水体无法满足微囊藻的生长需要。同时芽孢杆菌还可以微囊藻藻体作为C源加以利用；另外部分真菌和放线菌也会同藻类抢夺有限的营养物质，抑制藻类的生长[28] 。
４、溶藻细菌的— 形成菌胶膜
如腐败菌、亚硝酸菌、大肠杆菌、枯草杆菌等大量出现时，单细胞藻类培养物会产生沉淀而颜色变黄，同时发生化学变化而发出氨臭味；另一方面，可在静止的水面集结形成菌胶膜，有碍气体交换和光线的透射，导致水环境恶化，致使藻类死亡。
５、溶藻细菌的— 进入藻细胞内杀死藻细胞
这种溶藻方式极其少见，有人从水华铜绿微囊藻中分离出一种类似蛭弧菌的细菌，这种细菌能够进入铜绿微囊藻的细胞并使藻细胞溶解[29] 。