溶藻细菌筛选主要有两种方法：一是利用液体感染的方法进行分离；另一种是利用固体感染的方法进行分离。国内外溶藻细菌一般分离自因富营养化而发生水华或赤潮的湖泊及海洋，大多为革兰氏阴性菌。由于溶藻细菌在自然水体中存在的比率比较低，故采用传统的方法需要浓缩大量水样，耗时长且很难获得理想溶藻细菌，与将来工程实际应用相距甚远。PCR技术可以快速、灵敏、选择性地扩增微量的DNA片段，16S rRNA序列分析可以揭示微生物种群间的系统发育关系，利用PCR技术、细菌的16S rRNA序列分析技术，直接分析具有溶藻效果的样品中细菌类属和亲缘关系，根据分析结果选择合适的培养基和方法进行分离培养，能够克服部分溶藻细菌不易培养的弊端，有利于分离更多的溶藻细菌和更全面地了解水环境中的藻菌关系。实际上，国内对溶藻细菌的研究仅处于起步阶段，在分子生物学水平上对溶藻细菌的研究尚未涉及。因此，寻找溶藻细菌分离源，实现短时间内分离筛选获得所需菌株，对溶藻细菌的深人研究及应用具有重要意义。