在早期研究中，将EBOV通过福尔马林灭活或热灭活后，灭活的EBOV不能对非人灵长类提供保护。此外，通过碘萘基叠氮化物灭活病毒，可保护机体免遭致死性病毒的攻击，但如果使用γ射线灭活，就不会达到同样的保护效果，说明灭活方法可能会影响病毒蛋白的结构和免疫原性。虽然灭活疫苗可避免预存免疫和载体本身诱导的免疫反应问题，但须在4级生物安全实验室中操作活病毒，成本高，且面临安全性等问题，限制了此类疫苗的发展。
