临床上，沙眼衣原体感染常与淋球菌感染有紧密联系。这两种病原体均可引起男性尿道炎、附睾炎、直肠炎，女性宫颈炎、尿道炎、盆腔炎等，它们引起的疾病，其临床症状和体征差别不大，因此单凭临床观察是不易区分的。而且沙眼衣原体和淋球菌可合并感染。准确的鉴别诊断有赖于实验室检查。在临床实践中，常对确定为淋球菌感染者，无论是否检查沙眼衣原体感染，均常规给予抗淋球菌和沙眼衣原体两种病原体的治疗。
