此前的研究显示，H7N9病毒会在禽类中传播，但不会使禽类出现症状，而H5N1则会导致感染的禽类死亡，因此追踪H7N9在禽类中的传播要更加困难。世界卫生组织认为，H7N9病毒“不太可能”导致大流行，院士钟南山认为可能存在人际间传播的证据，对确诊患者的密切接触者的医学观察，并无出现因此而被患者感染的情况。
此病的传染源推测为携带H7N9禽流感病毒的禽类及其分泌物或排泄物，传播途径推测为经呼吸道传播、密切接触感染的禽类及其分泌物或排泄物、直接接触病毒或经受病毒污染的水而感染。中国国家卫生和计划生育委员会认为，现阶段高危人群主要是从事禽类养殖、销售、宰杀、加工业者，以及在发病前1周内接触过禽类者。