甲状舌骨囊肿的诊断主要依靠其病史及临床体征，一般较易诊断。但如不仔细检查也易误诊。应与以下几种颈部常见瘤鉴别：
1、慢性淋巴结炎和淋巴结核
颈侧部多见，质为实性，多有压痛，不随吞咽和伸舌活动移动，诊断常不困难。
2、皮下脂肪瘤
位于皮下，边界常不清楚，无囊性感、局部穿刺为阴性。
3、甲状腺瘤
一般位于气管两侧，多为实性，必要时可借助同位素扫描鉴别。
4、淋巴管瘤
常位于颈侧及锁骨上区，边界不清楚，与吞咽伸舌无关，局部穿刺可获淡黄色清亮液体。
