CT与MRI检查可见Rathke囊肿为鞍内或鞍内-鞍上的囊性占位病变，很少仅为鞍上占位性病变，需与囊性垂体瘤、非钙化性颅咽管瘤、鞍区上皮样囊肿及蛛网膜囊肿进行鉴别。CT检查所见：据E1-Mahdy（1998）统计，73.3%为低密度囊肿影；26.7%为混合密度影，后者常代表其囊肿内有实质性垂体瘤块或卒中；7.1%可见囊壁钙化。MRI所见不一，囊内信号高低多与囊肿内容有关。据E1-Mahdy（1998）统计，T1加权像为高信号者占54.5%，低信号者占36.4%，混合信号者占9%。T2加权像为等信号者占54.5%，高信号者占31.8%，低信号者占4.5%，混合信号者占9%。手术见其囊壁厚或钙化，有炎性反应，囊液绿或棕色粘稠，有变性血红蛋白，约占18.1%。上述影像学改变有时与颅咽管瘤很难区别，故Landolt（1992）曾指出，Rathke囊肿的诊断有时很难，只有仔细地分析病史与CT、MRI等影像学资料，结合手术及病理学所见才能确定诊断。一般手术见到囊壁光滑、无钙化，囊内为黄色稀薄或粘稠液体，无实质性瘤块，多支持为Rathke囊肿。