遗传毒性：在沙门菌营养缺陷性回复突变试验或V79中国仓鼠肺细胞的次黄嘌呤鸟嘌呤核糖转移酶（HGPRT）基因位点突变试验中，均未见突变性。碱性磷酸酶洗脱结果表明，本品不引起V79中国仓鼠肺细胞的DNA链断裂。在培养的人淋巴细胞中也不引起染色体的异常。体内试验表明，大鼠和小鼠的微核试验均为阴性结果，而且不诱发雄性果蝇后代的性交链隐性致死突变。此外，林可霉素也不诱发大鼠新鲜肝细胞的程序外DNA合成。
生殖毒性：
雄性和雌性大鼠经口给予林可霉素剂量达300mg/kg（按体表面积计算，为人用推荐最高剂量的0.36倍）时，未发现对生育力的损害。
尚无林可霉素的动物致畸性研究以及在怀孕妇女进行的充分和严格的临床研究。
大鼠经口服给予林可霉素1000mg/kg（按体表面积计算，为人用推荐最高剂量的1.2倍）的生殖试验表明，其对从刚出生致刚断奶的动物后代的存活率无影响。
据报道，林可霉素在浓度达0.5～2.4mcg/ml时，可出现于人乳内。由于可能引起哺乳期婴儿的严重不良反应，建议在权衡药物对母亲的利弊后，决定是中止还是停止林可霉素的使用。
致癌性：尚未见林可霉素致癌性的研究资料。