1.直肠子宫内膜异位症的血清CA125检测：血清CA125升高，中重度患者的阳性率高。
2.直肠子宫内膜异位症的血清胎盘蛋白14检查：患者的胎盘蛋白14浓度增高。
3.双合诊及三合诊：可触及子宫直肠陷凹处和子宫骶骨韧带处肿块和直肠壁与子宫直肠陷凹粘连。
4.直肠子宫内膜异位症的直肠指诊：可发现肠壁周围组织明显变厚，直肠狭窄。
5.直肠乙状结肠镜检查：可有不同程度的狭窄，黏膜光滑完整但有皱缩和充血。
6.钡剂灌肠检查：在月经中期及月经第二天，各作1次钡灌肠检查。观察肠道狭窄部位病变变化有助于诊断。钡剂灌肠时可发现：①直肠和（或）结肠有较长的充盈缺损，狭窄，狭窄部边缘清晰且黏膜完整；②肠道仅有轻度炎症表现，狭窄部固定，有触痛，稍不规则，但不像肿瘤那样僵硬或破溃。
7.直肠子宫内膜异位症的B超检查：B超检查可协助发现子宫和卵巢的其他病变。
10.MRI检查：MRI检测子宫内膜异位症附件包块的正确性较高，其敏感性、特异性、预见性分别为90%，98%，96%，诊断盆腔散在病变的准确性高于B超，但灵敏度仍很低。
11.细针穿刺吸引细胞学检查：对子宫直肠陷凹或直肠阴道隔肿块可经阴道作细针穿刺吸引，抽吸物做细胞学检查，如见到成团的子宫内膜细胞，陈旧的红细胞，含铁血黄素等有助于诊断。