1.药物治疗
目的是缓解症状，促进生育功能。适用于：①年轻有生育要求的轻度患者；②已有子女的中重度患者；③输尿管、膀胱、肠道等部位的子宫内膜异位症，估计手术困难者；④手术前后的辅助治疗；⑤手术后复发的治疗。
（1）假绝经疗法 ①达那唑（丹那唑）：适用于轻中度子宫内膜异位症痛经明显或不孕患者，也可用于保守手术前药物准备。一般用法是口服，从月经周期第二天开始，连服3～6个月。②促性腺激素释放激素激活剂（Gn-Rha）：临床常用的Gn-RHa有布舍瑞林（皮下或喷鼻）、那法瑞林（喷鼻）、亮丙瑞林（皮下或肌注）、戈舍瑞林（皮下）、曲普瑞林（肌注）。一般用法为喷鼻；或皮下注射或肌注。
（2）假孕疗法 ①孕激素：目前已少用，仅作为其他药物不能接受时的二线药物；②孕三烯酮（内美通）：一般用法是月经周期第1天开始口服。
（3）高效孕酮类药物 对痛经明显而病变较轻的无生育要求者，或未婚女性适用。常用者有炔诺酮（妇康片）、醋酸甲地孕酮（妇宁片）等。
（4）雄激素 有抗雌激素作用，小剂量疗法可缓解痛经而不抑制排卵。常用甲睾酮（甲基睾丸素）舌下口服。
（5）他莫昔芬（三苯氧胺） 一般用法为口服。
上述各种药物治疗后，绝大多数子宫内膜异位症患者能消除疼痛，达到很高的症状缓解率，改善体征以布舍瑞林效果最好，治疗后妊娠率以孕三烯酮和布舍瑞林最高。目前药物治疗仍存在一些缺点，因此物治疗目前只能用以缓解症状或术前准备，不能用于根治子宫内膜异位症。
2.手术治疗
对于直肠症状严重的直肠子宫内膜异位症患者，经药物等保守治疗无效时，行手术治疗十分必要。传统治疗是仅切除卵巢，大多数外科医师因顾虑术后并发症，仅在出现肠梗阻症状时方行肠切除术。对直肠子宫内膜异位症患者，有必要进行肠道手术，小种植病灶可行肿块切除。大病灶需行肠切除术，如直肠低位前切除术、乙状结肠切除术、回盲部结肠切除术、直肠前壁盘状切除术。术前应进行肠道准备。术后，患者常需激素替代治疗。