改变基因组中有关基因顺序结构的基因调控方式。哺乳动物的免疫球蛋白的可变区与恒定区的顺序分别由不同的基因片段编码。它们处于同一染色体上但是相距较远，中间还有一些编码连接区的DNA顺序。在产生抗体的浆细胞成熟过程中，这三个序列通过染色体重排而成为一个完整的转录单位。由于可变区基因片段为数众多，而且不同的连接方式又带来相应的核苷酸顺序的变化，所以通过这种形式的 DNA重排可以产生种类繁多的免疫球蛋白基因（见免疫遗传学）。
在啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae）的细胞中有关接合型的两个基因a和 α究竟哪一个表达取决于一种特殊的转座因子的移位。但就大多数已经发现的真核生物的转座因子来讲，它们是否参与正常的基因调控还没有定论。
转录水平上的基因调控
真核生物的基因调控主要表现在对基因转录活性的控制上而不涉及 DNA序列在数量和结构上的改变。转录水平上的基因调控可以通过不同的途径实现。