离子排阻色谱法具有灵敏、快速、简便易行的优点，已广泛应用于化学、能源、环保、电子工业、食品、医药卫生、造纸、石油化学、纺织等领域中，完成了阴离子、阳离子、过渡金属、有机酸、氨基酸和肽类等数百种离子和化合物的分析。以下重点叙述离子色谱法在医药研究中的应用。
制药生产过程中需要高纯水。采用离子排阻色谱法能很快地检测出一般离子性杂质的浓度。虽然当离子浓度低到一定限度时（NaCl 1ppb）电导率不再随浓度变化，用其它方法分析各种ppb级的离子也是不可能的，但IC分析可以通过浓缩柱富集，能够高精度地分析ppb级的离子。所谓浓缩柱法，是用装有与分离柱内相同树脂的短柱代替试样室，使一定量的试样水流过这种短柱富其中的离子，然后用洗脱液溶出，再用分离柱分离分析。