离心式血细胞分离机的应用最为广泛，按照血流方式的不同可以分为间断流动式离心机(Intermittent flow centrifuge, IFC)和连续流动式离心机(Continuous flow centrifuge, CFC)。
间断流动式血细胞分离机工作时，在泵的抽取和驱动下血液从静脉血管经过穿刺针，血液经过抗凝后流经分离管路进入离心杯，开始离心分离过程。多根收集管路与离心杯和收集袋相连，用于收集不同的血液成分。在离心力的作用下，不同的血液成分会依次进行分离，收集完相应的血液成分后，泵反向转动，将收集成分以外的其它血液成分一同回输给患者或者供者，从而完成一次血液成分的采集或去除。当离心杯中无血液时，上述过程再次重复，直到达到期望的效果。 IFC分离机的优点是只需一根静脉通路，用于抽血离心采集和剩余血回输；但是在临床使用中也有不利的一面，因为这种分离机运行过程中，体外循环血容量比 CFC血细胞分离机大，而且其体外循环血容量还取决于患者和供者血细胞比容的多少。因此，在临床上将这种血细胞分离机用于贫血患者采集或者其他治疗时，应当密切观察患者的血容量的变化及加强护理。
临床上使用较多的是CFC式血细胞分离机。它在运行时，收集和回输过程同时进行，因此它需要两根静脉通路：一根用于抽血，另一根用于回输。血液成分的分离采集工作是在血液连续、不间断的情况下进行的。由于这类血细胞分离机的体外循环血容量比IFC式血细胞分离机来的少，一般不受患者或供者血细胞比容的影响，而且血流量运行平稳。