SLE病因尚未阐明，多数学者认为是有一定遗传特征的个体。在多种触发因素(如感染理化环境因素)作用下，发生免疫紊乱所致的自身免疫性损伤，LN具有明显的免疫复合物性肾炎特征。
1.内分泌因素 SLE患者多数为女性，且不论男女患者雌激素水平均增高雄激素水平降低。推测高水平雌激素可直接作用B细胞，使其活化，导致分泌自身抗体的活化B细胞大量扩增。在实验动物中发现雌激素可使其病情加重，而雄激素可使病情减轻。
2.自身组织抗原变异 紫外线照射、药物化学物质、病原感染等多种因素均可能破坏自身组织暴露组织隐蔽抗原或使正常组织抗原结构改变，激发机体自身免疫损伤。