红斑性肢痛症的病因病机尚未明确，一般分两类：
1、原发性红斑性肢痛症
病因不明，可能与自主神经或血管神经中枢功能紊乱、皮肤对温热处于过敏状态及血中某些致热物质增多有关，少数病人有家族因素。遗传学研究表明，患者易感基因在染色体2q31-32上。
2、继发性红斑性肢痛症
继发于某些疾病，如多见于红细胞增多症、血小板增多症、恶性贫血等血液系统疾病，以及风湿性关节炎、系统性红斑狼疮血栓闭塞性脉管炎等自身性免疫性疾病。此外，还可见于多发性硬化、脊髓疾病、糖尿病、AIDS、一氧化碳中毒、心力衰竭、高血压、痛风以及轻型蜂窝织炎等疾病。