巨幼细胞性贫血的病因主要是由于叶酸和(或)维生素B12缺乏。
1.叶酸缺乏的原因
(1)摄入量不足：如食物中缺少新鲜蔬菜，过度烹煮或腌制食物可使叶酸丢失。乙醇可干扰叶酸的代谢，酗酒者常会有叶酸缺乏。小肠(尤其是空肠段)炎症、肿瘤手术切除后，热带口炎性腹泻均可导致叶酸的吸收不足。
(2)需要量增加：妊娠、哺乳、慢性反复溶血、慢性炎症、感染、甲状腺功能亢进症及白血病、恶性肿瘤等，叶酸的需要量都会增加，如补充不足就会发生叶酸缺乏。
(3)药物：甲氨蝶呤、乙胺嘧啶、苯妥英钠、苯巴比妥及柳氮磺吡啶等均可影响叶酸的吸收。
2.维生素B12缺乏的原因 维生素B12的缺乏多与胃肠道疾病或功能紊乱有关。
①摄入减少：绝对素食者和老年人、萎缩性胃炎容易有维生素B12摄入减少。由于维生素B12每天的需要量极少且可由肠肝循环再吸收，维生素B12缺乏的发生常需若干年后才出现。故由于膳食中摄入不足而致贫血者较叶酸为少。
②内因子缺乏：主要见于恶性贫血患者和全胃切除术后。恶性贫血患者有特发性胃黏膜萎缩和内因子抗体存在，对食物中的维生素B12及胆汁中维生素B12的重吸收均有障碍，故易导致维生素B12缺乏。
③回肠疾病或细菌、寄生虫感染、外科手术后的盲襻综合征等均可影响维生素B12的吸收。
④其他：如先天性转钴蛋白Ⅱ缺乏、长期接触氧化亚氮(N2O)均可影响维生素B12的血浆转运和细胞内的转变、利用。