1.高血压
高血压是本病最主要的直接病因，尤其是慢性高血压。
2.动脉硬化
腔隙性脑梗塞与动脉硬化紧密关联。
3.糖尿病
糖尿病可导致远端肢体肾脏、视网膜周围神经和脑神经的小动脉梗死性病变，但糖尿病对脑的小血管病变的作用尚未明确定位。流行病学的调查结果表明，糖尿病是卒中的危险因素之一，但尚缺乏糖尿病和腔隙性脑梗塞有联系的证据。糖尿病时血的凝固性和黏度的增高，血小板黏附性的增强，无疑可加重脑的深穿通支动脉的血流供应，对腔隙性脑梗塞的形成起了重要的作用。
4.栓子
（1）心源性栓子 风湿性心脏病或非风湿性心脏病的附壁栓子脱落。
（2）动脉源性栓子 包括有或无溃疡的动脉粥样硬化、纤维肌肉性血管病、夹层动脉瘤的血栓脱落，尤其是升主动脉、颈动脉中粥样硬化斑块脱落形成的栓子，是引起腔隙性脑梗塞的重要原因之一。
5.其他因素
高脂血症、高黏血症、吸烟、饮酒。